O Conselho é composto por representantes de órgãos federais e ministérios, de representantes dos povos e organizações indígenas e por organizações indigenistas. As organizações indigenistas serão representadas no CNPI pela Anaí-Ba, CIMI, Comin, Opan, CTI e Iepé, como membro suplente.
A primeira reunião de trabalho ocorreu entre os dias 27 e 29 de abril, no salão negro do Ministério da Justiça, quando foi aprovada a proposta de regimento de funcionamento do Conselho.