O Iepé desenvolve ações em parceria com os povos Aparai, Galibi Ka´lina, Galibi Marworno, Hixkaryana, Karipuna, Katxuyana, Palikur, Tiriyó, Waiwai, Wajãpi, Wayana e Zo’é, que vivem em 12 Terras Indígenas distribuídas entre o Amapá e o Norte do Pará, chegando ao extremo leste do Amazonas e o sul de Roraima: TIs Galibi, Juminã, Uaçá e Txi Juminã, Wajãpi, Zo’é, Parque do Tumucumaque, Rio Paru D’Este, Kaxuyana-Tunayana, Nhamundá-Mapuera, Trombetas-Mapuera a Ararà, totalizando mais de 14 milhões de hectares. Por meio de seus programas, o Iepé desenvolve projetos junto aos moradores de mais de 450 comunidades indígenas para o fortalecimento de suas línguas e culturas e para a gestão socioambiental de suas terras em acordo com suas formas de gestão comunitária e coletiva.
