A criação do Iepé, em 2002, representou a formalização de relações de cooperação existentes entre seus 12 sócios fundadores, que já conduziam atividades de pesquisa acadêmica e assessoria direta aos povos indígenas do Amapá e Norte do Pará, em programas do Centro de Trabalho Indigenista – CTI, do Núcleo de História Indígena e do Indigenismo – NHII da Universidade de São Paulo, e do Museu Paraense Emilio Goeldi. Desde sua criação, o Iepé tem procurado elaborar projetos que permitam uma ampliação dos trabalhos junto às comunidades indígenas da região, consolidando ações em andamento e estabelecendo novas modalidades de atuação.