A primeira citação histórica a respeito dos Guaiapi data do século XVII, época em que viviam na região do baixo rio Xingu, ocupada até hoje por outros grupos tupi-guarani, como os Araweté e Asurini.
No século XVIII, cruzaram o rio Amazonas e empreenderam sucessivas migrações em direção ao norte, estabelecendo-se no interflúvio dos rios Jari, Araguari e Oiapoque. Hoje, Wajãpi é um marcador étnico definido por conteúdos e usos políticos em constante transformação. Essa autodenominação refere-se à língua compartilhada por todos os subgrupos distribuídos entre o Pará, o Amapá, no Brasil, e a Guiana Francesa. Seu uso crescente vem agregando outros elementos selecionados como distintivos de sua cultura.
Historicamente, o território wajãpi estendia-se do rio Jari ao rio Araguari, limitado ao sul pelo alto Iratapuru e ao norte pelos rios Oiapoque e Camopi, na margem francesa. Nessa região mantiveram contatos intermitentes com diversas frentes – cabanos, extrativistas, colonos – desde o início do século XIX. Mas só passaram a conviver mais diretamente com não-índios no final da década de 1960, quando foram encontrados por ‘gateiros’ e garimpeiros que viveram em suas aldeias e alastraram epidemias, provocando uma dizimação considerável entre vários subgrupos wajãpi, alguns deles inclusive hoje extintos.
Este grupo indígena foi contatado oficialmente pela Funai em 1973, quando se iniciava a construção da rodovia Perimetral Norte (BR 210), que cortaria seu território. Naquele momento, sua população estava reduzida a 150 indivíduos, após ser dizimada pelas epidemias trazidas pelos não-índios.
Para prestar assistência aos sobreviventes e liberar a área onde seria aberta a estrada, a Funai agrupou as famílias de diferentes regiões em um único posto de assistência. Até o final da década de 1980, novos grupos de garimpeiros continuaram chegando à região, mas aos poucos os diferentes grupos locais wajãpi decidiram voltar a suas áreas de ocupação tradicional e se organizaram para expulsar os garimpeiros.
O processo de regularização fundiária da TIW, iniciado com a delimitação da área em 1980, só foi concluído em 1996, com a homologação de sua demarcação física. Ao longo deste processo, os Wajãpi decidiram retomar e fortalecer seu padrão tradicional de ocupação territorial, baseado na dispersão das aldeias e na mudança periódica dos locais de moradia e plantio.
