O Programa Wajãpi é mais antigo do que o próprio Iepé e foi uma das bases para sua criação, tendo se iniciado em 1992 no Centro de Trabalho Indigenista (CTI). No decorrer das quase três décadas de existência do programa, destacam-se as ações em prol da demarcação e permanente fiscalização da Terra Indígena Wajãpi (TIW), a formação de professores, agentes de saúde, pesquisadores e agentes socioambientais wajãpi e o apoio à constituição e atuação do Conselho das Aldeias Wajãpi – Apina, fundado em 1994, e da Associação Wajãpi Terra, Ambiente e Cultura – Awatac, criada em 2010.
O Programa Oiapoque do Iepé atua desde 2008 em parceria com os povos Karipuna, Galibi Marworno, Galibi Ka’lina e Palikur que habitam as Terras Indígenas Uaçá, Juminã e Galibi, na fronteira com a Guiana Francesa, estado do Amapá.
O trabalho do Iepé junto a estes povos teve início por meio de atividades de formação de pesquisadores, promoção e valorização das formas de expressão e dos conhecimentos tradicionais e, posteriormente, gestão territorial e ambiental e fortalecimento das instâncias de representação política.
O Programa Tumucumaque foi criado em 2006, tendo como foco inicial ações de valorização cultural junto aos povos oficialmente reconhecidos como Tiriyó, Katxuyana, Aparai e Wayana que vivem no chamado Complexo Tumucumaque, que compreende duas Terras Indígenas (TIs) contíguas entre si, situadas no extremo norte do Pará: as TIs Parque do Tumucumaque e Rio Paru d’Este.
Embora o Programa Zo’é tenha sido criado em 2016, a atuação de membros fundadores do Iepé junto a este povo teve início ainda na década de 1990, quando foram realizados alguns estudos antropológicos na região, especialmente os trabalhos visando a demarcação da Terra Indígena Zo’é, concluída em 2000 com 668.000 hectares e homologada no ano 2009, no município de Óbidos, no Pará.
O Programa Gestão da Informação contempla áreas transversais de trabalho no Iepé, que se conectam aos programas e povos indígenas, mas não se limitam a eles.
O Iepé apoia as cadeias produtivas da sociobiodiversidade nos territórios em que atua. Isso inclui parcerias de geração de renda, produção, gestão, valorização e comercialização de produtos. O objetivo é capacitar e apoiar as organizações das comunidades tradicionais para o escoamento e comercialização de seus produtos no mercado.
