O Programa Wajãpi é mais antigo do que o próprio Iepé e foi uma das bases para sua criação, tendo se iniciado em 1992 no Centro de Trabalho Indigenista (CTI). No decorrer das quase três décadas de existência do programa, destacam-se as ações em prol da demarcação e permanente fiscalização da Terra Indígena Wajãpi (TIW), a formação de professores, agentes de saúde, pesquisadores e agentes socioambientais wajãpi e o apoio à constituição e atuação do Conselho das Aldeias Wajãpi – Apina, fundado em 1994, e da Associação Wajãpi Terra, Ambiente e Cultura – Awatac, criada em 2010.
Nos últimos anos, o foco da atuação do Programa vem sendo a assessoria à elaboração e implementação do Plano de Gestão Socioambiental da Terra Indígena Wajãpi (publicado em 2017), que visa fortalecer as formas específicas pelas quais os Wajãpi se relacionam com seu território e com os ambientes que o compõem.
Esta linha de atuação envolve também o apoio à articulação dos Wajãpi com órgãos governamentais e comunidades vizinhas em defesa da conservação da floresta e de alternativas de desenvolvimento sustentável para a região.
Nós caciques primeiro falamos com o Iepé, aí o Iepé faz o que a gente precisa. O Iepé não decide sozinho não. Primeiro nós caciques chamamos o Iepé pra fazer reunião, pra escutar o que nós queremos. Quando os caciques Wajãpi querem o trabalho do Iepé, o Iepé vai na aldeia e faz reunião para escutar a comunidade. O governo tem que reconhecer o trabalho do Iepé, tem que reconhecer a formação que o Iepé faz de professor, pesquisador e agente de saúde. Assim o trabalho do Iepé vai melhorar muito.
Kasiripinã Wajãpi, chefe de aldeia
Para promover o fortalecimento político dos Wajãpi, o Iepé tem apoiado a realização de encontros de chefes, de mulheres, de jovens e as assembleias do Apina e da AWATAC. A equipe do Programa Wajãpi presta assessoria direta aos coordenadores destas duas organizações e apoia a produção e divulgação de documentos sistematizando acordos internos e demandas coletivas dos Wajãpi.
Ainda no âmbito das ações para o fortalecimento político, o Programa fomentou a elaboração do Protocolo de Consulta e Consentimento Wajãpi, o primeiro protocolo autônomo elaborado por um povo indígena brasileiro. Publicado em 2014, desde 2017 o protocolo está sendo aplicado em um primeiro caso de consulta prévia aos Wajãpi, também acompanhado pelo Programa, relacionado às regras de ocupação e uso de uma área situada no entorno da TIW.
Como parte da implementação do Plano de Gestão Socioambiental da TIW, o Iepé tem apoiado ações de vigilância, limpeza de picadas e expedições para os limites da TIW, de maneira a promover o padrão tradicional de ocupação territorial wajãpi, baseado na dispersão das aldeias e na mudança periódica dos locais de moradia e plantio. Esta forma de ocupação do território contribui para a renovação dos recursos naturais necessários a seu bem viver.
O Iepé tem promovido a formação continuada de 32 Agentes Indígenas de Saúde (AIS) de todas as regiões da Terra Indígena, de maneira que estes possam acompanhar as famílias wajãpi nos locais de mais difícil acesso da área. Além disso, o Iepé atua na formação de Agentes Socioambientais Wajãpi (ASA), cuja etapa inicial foi concluída em 2020 em parceria com o Instituto Federal do Amapá (IFAP), em que 27 ASA são formados como Técnicos em Meio Ambiente.
Os Wajãpi tiveram sua arte gráfica e saberes orais registrados como Patrimônio Cultural lmaterial do Brasil, em 2002, e proclamados como Obra Prima do Patrimônio Oral e Imaterial da Humanidade pela Unesco em 2003. Este reconhecimento serviu como incentivo para a realização de uma série de atividades que visam fortalecer, valorizar e difundir seus conhecimentos e práticas tradicionais.
Em 2009, foi concluída a construção de um Centro de Formação e Documentação Wajãpi, dentro da Terra Indígena Wajãpi, destinado a apoiar as atividades do Plano de Salvaguarda do Patrimônio Imaterial Wajãpi, bem como para a realização de cursos, oficinas, reuniões, assembleias e abrigo de toda a documentação produzida pelos e sobre os Wajãpi.